coticoger 님의 블로그

https://proceedings.neurips.cc/paper_files/paper/2022/file/aa933b5abc1be30baece1d230ec575a7-Paper-Conference.pdf Introduction최근 single-cell RNA-seq은 약물 처리가 세포 하나하나의 유전자 발현을 어떻게 바꾸는지 볼 수 있게 만들었다. 이 덕분에 기존 bulk 실험에서 놓치기 쉬웠던 세포 간 이질성과 미세한 반응 차이를 포착할 수 있었다. 하지만 비용과 규모의 문제가 존재한다. single-cell HTS는 정밀하지만 수천 개 약물을 실험하기에는 너무 비싸고, 실제 데이터셋도 대부분 수백 개 이하의 약물만 포함한다. 그래서 모든 약물을 single cell로 직접 실험할 수 없다면, 모델이 관..

Introduction기존 약물 발굴은 주로 질병 관련 단백질/효소를 먼저 정의하고 해당 타겟을 억제하는 화합물을 설계하는 one drug - one gene - one disease 방식의 표적 기반 약물 발굴이었다. ( imatinib ▶️ BCR-ABL 억제, trastuzumab ▶️ HER2 억제 ) 하지만 실제 FDA에 승인된 많은 first-in-class 약물이 특정 약물 표적 가설 없이 발견되었으며, 이는 타겟을 먼저 정하는 접근이 항상 효과적이지 않음을 시사한다. 이는 기존의 표적 기반 약물 발굴이 복잡한 질병 메커니즘을 충분히 설명하지 못함을 시사한다. 이에 대한 대안으로 표현형 기반 약물 발굴이 등장하였다. 사전에 정의된 표적 없이 수행되는 분석을 통해 측정된 질병 표현형을 되돌리는..

He Zhang, et al. "Deep generative models design mRNA sequences with enhanced translatjional capactiy and stability" Science 2025논문 바로가기 mRNA 백신은 COVID-19 예방에 효과적임이 입증되었다. 현재 mRNA 치료제를 다양한 질환으로 확장하려는 시도가 이루어지고 있지만, 이러한 응용이 성공하려면 더 강하고 오래 지속되는 단백질 발현이 필요하다. 특히 CDS와 UTR을 포함한 최적의 mRNA 서열 설계는 번역 효율을 향상시켜 mRNA 치료제의 목표를 실현하는 데 핵심적이지만, 실제로 가능한 mRNA 서열 공간이 매우 방대하므로 어려운 문제로 남아있다. 이를 해결하기 위해 다양한 연구가 진행되..